Etwa 18.900 Trassenkilometer umfasst das Hoch- und Höchstspannungsnetz in Bayern (2017). Knapp 300 Quadratkilometer der bayerischen Trassen-Schneisen sind nach Einschätzung des Umweltministeriums als Rückzugsgebiet für Flora und Fauna besonders wertvoll. Das entspricht etwa einem Fünftel der Fläche aller in Bayern ausgewiesenen Naturschutzgebiete. So bieten zum Beispiel die Gehölz freien Trockenmagerrasen unter den Hochspannungsleitungen in den trockenen Bereichen der Augsburger Lechauen seltenen Insekten wie der Blauflügeligen Ödlandschrecke oder dem Kreuzenzian-Ameisenbläuling einen geschützten Lebensraum.

Seit mehr als 79 Jahren ist der Übungsplatz in Grafenwöhr für die Öffentlichkeit gesperrt. Davon profitieren viele Tiere und Pflanzen, die in Bayern auf der Roten Liste bedrohter Arten stehen. Bis zu 80 Zentimeter tief graben sich die Ketten der tonnenschweren Panzer in den Boden, reißen die Bodennarbe auf und halten die Pflanzendecke kurz. Über die immer neu entstehenden kleinen Tümpel freut sich die Gelbbauchunke. Seit über 60 Jahren werden weder Pestizide gespritzt noch Dünger ausgebracht. Das daraus resultierende enorme Insektenangebot ist auch der Hauptgrund, warum es im Truppenübungsplatz Hohenfels so viele Fledermäuse gibt, unter anderem auch die seltenste Fledermaus Deutschlands, die Große Hufeisennase.

Mehr als 40 als gefährdet geltende Vogelarten haben sich im Flughafengelände angesiedelt und so ist das Gebiet nach der europäischen Vogelschutzrichtlinie als Vogelschutzgebiet gemeldet. Während fast überall in Bayern die Zahl des Großen Brachvogels dramatisch abnimmt, steigt sie im eingezäunten Bereich des Flughafengeländes stetig an. 88 Brutpaare des seltenen Wiesenbrüters wurden zuletzt gezählt. Die Bodenbrüter profitieren von der wegen Vogelschlaggefahr nötigen Vergrämung der großen, schwarmbildenden Vögel und dem Biotopmanagement des Flughafens.
Manche Fledermausarten, wie das Große Mausohr, haben große Wochenstuben in den geräumigen Brückenlagern der Autobahnbrücken gebildet und ziehen dort ihre Jungen auf.