Kommissar Mehmet Özakin (Erol Sander) nimmt die Einladung seines Jugendfreundes Yunus (Murat Karabey Yilmaz) an, der in Istanbul gerade ein neues Restaurant eröffnet hat. Yunus macht sich Sorgen um eine deutsche Journalistin, die normalerweise täglich bei ihm einkehrt, seit ein paar Tagen jedoch spurlos verschwunden ist. Kurz darauf wird in der Zisterne Yerebatan Sarayi eine Frau ermordet aufgefunden - keine Papiere, keine Zeugen. Dank Yunus' Hilfe kann Özakin die Tote identifizieren: Es ist die verschwundene Anja Sonntag (Burcu Günay).

In ihrer Wohnung findet Özakin Hinweise, dass sie an einem investigativen Artikel über eine Hotelkette arbeitete. Außerdem überwies Sonntag regelmäßig Geld an einen gewissen Emre (Alper Kul), der in einem Luxushotel im Touristenmekka Marmaris als Animateur arbeitet. Özakin und sein Assistent Mustafa Tombul (Oscar Ortega Sánchez) geben sich als Touristen aus, um sich in Marmaris ein wenig umzusehen. Unerwünschte Hilfe erhalten sie dabei von der deutschen Reporterin Monika Adler (Christine Neubauer). Sie war Anjas beste Freundin und ist den Polizisten bei der Aufklärung des Falles stets um eine Nasenlänge voraus. Doch nach der Ermordung Emres, der erdrosselt aus dem Hotelpool gefischt wird, stehen alle vor einem Rätsel. Als Monika schließlich den Fall im Alleingang zu lösen scheint, bringt sie sich in Lebensgefahr.

"Mordkommission Istanbul - Die Tote in der Zisterne" ist ein exotischer Bosporus-Krimi nach der Romanvorlage "Istanbul sehen und sterben" der Deutsch-Türkin Hülya Özkan. Erol Sander ("Die Liebe eines Priesters") - der erstmals in seinem Geburtsort vor der Kamera stand - spielt den "Brunetti von Istanbul". Als eine Art türkischer Preuße kämpft er permanent an zwei Fronten: gegen das Verbrechen in der 15-Millionen-Stadt, aber auch gegen die Bürokratie und den Schlendrian seiner Landsleute. Publikumsliebling Christine Neubauer ("Die Erntehelferin") verkörpert eine hartnäckige Journalistin mit weiblicher Intuition.