Doctor Who (Sylvester McCoy) soll die Überreste seines zum Tode verurteilten Erzfeindes, des 'Masters' (Eric Roberts), zu ihrem Heimatplaneten Gallifrey überführen. Wegen eines Defekts an der TARDIS muss er auf der Erde in San Francisco im Jahr 1999 zwischenlanden. Von einer Straßengang niedergeschossen, wird der Doctor ins Krankenhaus gebracht, wo die Ärztin Grace Holloway (Daphne Ashbrook) eine Regeneration zum achten Doctor (Paul McGann) auslöst. Währenddessen hat der Master den Körper eines Sanitäters übernommen und die Kontrolle über die TARDIS gewonnen. Indem er sich in das Auge der Harmonie der TARDIS einmischt, verdammt er die Erde zur Zerstörung, wenn es Mitternacht schlägt...