Fluglotse Johann Lenders hat gerade die Nachtschicht im Tower des Züricher Flughafens übernommen, als er eine Unregelmäßigkeit auf dem Radarschirm bemerkt: Zwei Flugzeuge sind auf Kollisionskurs. Seine Bemühungen, den drohenden Zusammenstoß abzuwenden, scheitern. Ein russisches Passagierflugzeug und eine deutsche Frachtmaschine kollidieren, 71 Menschen kommen ums Leben.

Währenddessen wartet Yuri Balkajew am Flughafen von Barcelona auf die Ankunft seiner Frau und seiner beiden Kinder - vergebens. Seine Familie gehört zu den Opfern des Unglücks von Überlingen. Unfähig, die Nachricht von seinem Verlust zu begreifen, macht er sich auf die Suche nach den Schuldigen.

Auch Johann Lenders ist völlig verstört, er kann das Unglück kaum fassen. Es drängt ihn, sich bei den Angehörigen der Opfer zu entschuldigen, doch Katharina Rohl, Juristin bei der Flugsicherung, untersagt ihm dies im Auftrag des Firmenchefs. Eine Entschuldigung könnte als Schuldanerkenntnis gesehen werden und Schadenersatzforderungen hervorrufen. Auf der Suche nach Verantwortung, Schuld und Vergeben kommt es schließlich zur Konfrontation zwischen Yuri Balkajew und Johann Lenders.

Der Fernsehfilm "Flug in die Nacht - Das Unglück von Überlingen" verarbeitet die Katastrophe, bei der am 1. Juli 2002 zwei Flugzeuge kurz vor Mitternacht über dem Bodensee kollidierten, zu einem eindringlichen Drama über persönliche
Verantwortung, die Suche nach Erklärungen und dem Wunsch nach Vergebung.