„Der Seefahrer aus dem Gebirge“ ist ein Roadmovie in Briefform. Der brasilianische Filmemacher Karim Aïnouz bricht auf der Suche nach seinen Wurzeln mit dem Schiff über das Mittelmeer nach Algerien auf. Es ist seine erste, lang erträumte Reise in das Geburtsland seines Vaters. Die Kamera begleitet ihn auf Schritt und Tritt - ebenso wie die Erinnerung an seine Mutter Iracema. Durch die Reise enthüllt der Regisseur, was sich hinter der unwahrscheinlichen Liebe seiner Eltern verbirgt. Der Film ist Zeugnis dieser persönlichen Auseinandersetzung.

Von der Fahrt über das Meer und der Ankunft in den Bergen der Kabylei im Norden Algeriens bis zu seiner Rückkehr nach Hause schildert Karim Aïnouz seine Erlebnisse in einem detaillierten Reisebericht. „Seefahrt ins Gebirge“ verschränkt die Gegenwart, Vergangenheit und Zukunft des Filmemachers. Dabei zeichnet er zugleich ein lebhaftes Bild der heutigen algerischen Gesellschaft und setzt sich mit den politischen und sozialen Umständen auseinander, die ihm auf seinem Weg begegnen. Der Dokumentarfilm gibt vielschichtige und tiefe Einblicke in die Suche des Regisseurs nach seinen Wurzeln und nach der Verbindung zwischen Algerien und Brasilien.