Eine Bombenexplosion sprengt im wahrsten Sinne des Wortes ein Mafia-Geheimtreffen in Bozen. Ein Bodyguard der Gastgeberin Giulia Santoro (Susanna Simon) kommt ums Leben, die erzürnten Bosse reisen überstürzt ab. Für die ehrgeizige Statthalterin und ihren Rivalen, den 'Capo' Michele Lagagna (Leonardo Nigro), steht mehr als das von ihr eingefädelte Milliardengeschäft auf dem Spiel. Und Giulia muss unbedingt herausfinden, wer hinter dem Anschlag steckt, bevor es Frau Commissario Sonja Schwarz (Chiara Schoras) tut. Dass es in ihrem Team erhebliche Spannungen gibt, beeindruckt die Interimschefin der Kripo Bozen ebenso wenig wie die Blockadehaltung der Anti-Mafia-Behörde DIA.

Über die Auswertung des Sprengstoffs kommt Sonja auf eine unerwartete Spur, die zu ungeklärten Anschlägen einer Untergrundorganisation aus den 1960er-Jahren führt: dem 'Befreiungsausschuss Südtirol'. Dieser gehörte Robert Lanthaler (Helmfried von Lüttichau) an, der Vater der Ex-Polizistin Sofia (Sinja Dieks), die als Mafiainformantin enttarnt wurde. Dass seine Freundin mit dem Fall in Verbindung gebracht wird, bringt Kommissar Jonas Kerschbaumer (Gabriel Raab), der um ihr Leben fürchtet, in Rage.

Eine undurchsichtige Rolle spielt auch Sonjas Affäre aus Bari: Riccardo Riello (Stefano Bernardin), Undercover-Ermittler der DIA, taucht als Lagagnas Fahrer in Bozen auf. Aber kann Sonja ihm wirklich vertrauen?

'Frau Commissario' Sonja Schwarz - gespielt von Chiara Schoras - führt allein den Kampf gegen das organisierte Verbrechen weiter und bekommt es im zwölften 'Bozen-Krimi' mit einer brisanten Gemengelage zu tun: In Südtirol findet auf Einladung der Mafiastatthalterin Giulia Santoro ein geheimes Treffen der einflussreichsten Bosse zur Vorbereitung eines Milliardenprojektes statt. Als eine Bombe hochgeht, spitzt sich der Machtkampf zwischen Santoro und ihrem Rivalen Lagagna, gespielt von Susanna Simon und Leonardo Nigro, bedrohlich zu.
Grimme-Preisträger Kaspar Heidelbach führte Regie bei 'Zündstoff', und drehte zum ersten Mal in den Bunkeranlagen des ehemaligen 'Alpenwalls'.