Die junge bayerische Prinzessin Sissi (Romy Schneider) hat sich an der Seite des österreichischen Kaisers Franz Joseph (Karlheinz Böhm) zu einer Herrscherin mit Würde und diplomatischem Geschick entwickelt. Während dringende Staatsgeschäfte den Kaiser in Wien halten, ist Sissi mit ihrer kleinen Tochter in Ungarn unterwegs. Ihre Reise dient einer wichtigen politischen Mission, die der Kaiserin am Herzen liegt: Mit Unterstützung des ihr treu ergebenen Grafen Andrassy (Walter Reyer) führt sie einen diplomatischen Dialog mit dem revolutionären Grafen Batthyani (Peter Neusser), um ihn von der positiven Einstellung der Habsburger gegenüber Ungarn zu überzeugen. Die Mission ist ein großer politischer Erfolg, aber noch immer lässt Erzherzogin Sophie (Vilma Degischer) keine Gelegenheit zur Intrige aus und streut das Gerücht, Sissi habe eine Affäre mit Graf Andrassy. Beunruhigt reist Franz Joseph seiner Frau entgegen, und die beiden verbringen einige Tage fern der höfischen Etikette in Bad Ischl. Als der Hofarzt eine schwere Lungenkrankheit diagnostiziert, muss Sissi in den Süden reisen, um in einem milden Klima ihr Leiden zu mildern.

Wider Erwarten erholt die Kaiserin sich rasch, und die Ärzte gestatten die Heimkehr. Franz Joseph reist seiner Frau entgegen, um diese Gelegenheit zu einem Staatsbesuch in der abtrünnigen italienischen Provinz zu nutzen. Der Italienbesuch droht zum Eklat zu werden, denn der hiesige Adel ignoriert das Kaiserpaar ostentativ. Erst bei ihrem unnachahmlichen Auftritt auf dem venezianischen Markusplatz bricht das Eis, und Sissi erobert die Herzen der Italiener.

In "Sissi - Schicksalsjahre einer Kaiserin", dem krönenden Abschluss der Trilogie, zeigt die noch junge Romy Schneider eine bemerkenswerte künstlerische Reife, büßt dabei aber nichts von ihrer jugendlichen Natürlichkeit ein. Mehr noch als die ersten beiden lebt dieser melodramatischste der drei Filme von dem überaus nuancierten Spiel Romy Schneiders, das Ernst Marischkas gefühlvolle Inszenierung weit über den Durchschnitt eines Kostümfilms hinaushebt.