Ein Vierteljahrhundert nach seiner erfolgreichen Expedition zum Südpol zieht es den MDR Filmemacher Thomas Junker erneut in die Antarktis. Die 6-teilige Dokumentation Thomas Junker unterwegs – Tief im Süden entführt die Zuschauer an den südlichen Rand der Zivilisation und zeigt zudem die Faszination der antarktischen Welt voller Gletscher, Eisberge, Seelöwen, Wale und Pinguine. Junker geht auch der Frage nach, welche Folgen der Klimawandel auf diese so abgeschiedene Region hat.

Start der Filmexpedition ist die Tangometropole Buenos Aires in Argentinien. Durch die Pampa und Feuerland erreicht Junker im Süden des Landes die Stadt Ushuaia. Hier geht er an Bord eines kleinen Eisbrechers, der ihn für drei Wochen in die Antarktis bringt.

Da der Eisbrecher anschließend in die Arktis überführt werden muss, nutzt Junker die Chance, um einige sehr unzugängliche Inseln im Atlantik zu besuchen. Tief im Süden wird so zu einem Film voller Kontraste. Der Filmemacher berichtet nicht nur über das Leben im ewigen Eis, sondern erzählt auch viele Geschichten von den zum Teil sehr abgeschiedenen Atlantikinseln Kapverden, St. Helena, Tristan da Cunha sowie Südgeorgien.
Auch dieses Mal sind wieder die Begegnung mit den Menschen und ihrem Alltag in den zumeist extrem abgelegenen Regionen Sinn und Zweck der Dokumentarfilmreihe von Thomas Junker. Ihm gelangen auch diesmal wieder spektakuläre Bilder der grandiosen Landschaften und der antarktischen Tierwelt.